ゆきさん、初めまして。

読んだ限りでは入学できそうな気もしますが(私は入学を審査する立場ではないので絶対に入学できるとは言えません。)、願書提出後に入学を希望されるドイツの大学側にしっかりと編入の経緯や取得単位について説明を行う必要が出てくるかもしれません。

とりあえずですが、今のうちに入学希望の大学院の学科に、メールで直接連絡を取ってみて"卒業予定の学位"と"足りたない単位"について相談してみるのはどうでしょうか？運が良ければ具体的なアドバイスがもらえるかもしれません。履修していない単位がどの程度あるのか分かりませんが、入学を希望されるドイツ大学院の学士課程に入学して、必要な単位を取得後に大学院に出願するという方法も可能性としてアリそうだなと思うので。(アーヘン工科大学で似たような形があったりするので)

ざっくりとメールの構成として。。。

1.挨拶＆自己紹介
2.貴大学院の学科に入学したいけど、私の卒業予定の大学だと〇〇の単位が足りない。なので入学にむけて3つの方法がかんがえられるのですが、ご意見頂けると幸いです的な。。。
2.1 もう一度日本の大学に入学し、不足分の単位を補うためにもう一つ学士課程の学位を取る。
2.2 貴学の学士課程に入学して不足分の単位を取得後、大学院に切り替える
2.3 貴学の修士課程に入学後、全力で不足分の単位を取るので入学許可もらえませんか？
3.締めの挨拶

もちろん実際に送るメールはもっと詳細にフォーマルである必要がありますが、この内容くらいは聞いても損はないと思います。送り先は大学の国際課やuni-assistではない大学の願書を扱う部署に送ってみて反応が悪ければ、直接入学希望の学科に送ってみても良いと思います。

もし 2.2or 2.3の手法が使えれば時間とお金を大幅に節約できるかもしれません。

もしどちらか１つの大学の単位しか認められないのであれば、別の大学に編入して卒業する意味がなくなってしまうので、どうしようかと悩んでいます。

ドイツでは学士課程を複数取る人は珍しくないので、常識的に考えて一つの大学しか認められないとは考えにくいです。逆になぜ1つしか認めないのかと...2つ同時に学士課程をしている学生の扱いはどうなるんだ？と色々な矛盾が生じてきそうなので、そこまでシビアに考えなくて良いと思います。